Estructura general de un aminoácido, tomada de Wikipedia

Según la cadena lateral R, los aminoácidos se pueden clasificar en:

- Apolares o hidrófobos. La cadena R posee grupos hidrófobos que interaccionan con otros grupos hidrófobos mediante fuerzas de Van der Waals. Pueden ser:

• Apolares alifáticos, la cadena R es de naturaleza alifática (hidrocarbonada abierta). Ejemplos: Alanina, Valina, Metionina.
• Apolares aromáticos, la cadena R contiene anillos aromáticos. Ejemplos: Triptófano, Fenilalanina.

- Polares o hidrófilos. Pueden ser:

• Polares sin carga (neutros). La cadena R contiene grupos polares capaces de formar puentes de hidrógeno con otros grupos polares. Ejemplos: Serina, Cisteína.
• Polares con carga. La cadena R contiene grupos polares cargados. Pueden ser:

- Polares ácidos, debido a la presencia de un grupo carboxilo en la cadena R. Tenemos Ácido aspártico y Ácido glutámico.

- Polares básicos, por la presencia de uno o más grupos amino en la cadena R. Tenemos: Lisina, Arginina, Histidina.